Corretta la risposta di Gianlazzaro, con riferimento alla gestione documentale, la integro con un'osservazione da un punto di vista fiscale, e semplificherei la soluzione, inviando con la fattura elettronica un allegato contenente una dichiarazione che abbia questo contenuto: "Il sottoscritto ..... , in qualità di direttore dei lavori, attesta che i lavori effettivamente eseguiti trovano corrispondenza con quanto fatturato e, pertanto, si certifica la loro regolare esecuzione".
Tale dichiarazione potrà essere firmata dal direttore dei lavori ed allegata alla fattura, firmandola digitalmente (in sostanza la soluzione n.2 proposta da Gianlazzaro).