Mi sembra probabile che il problema non riguardi né la fatturazione elettronica né il Sistema di interscambio ma sia più verosimilmente da imputare ad un errore nell'invio del messaggio di posta.
Suggerisco di verificare attentamente, al momento della spedizione, l'indirizzo email da cui viene spedito il messaggio o di spedire, per maggiore sicurezza, il messaggio direttamente dalla webmail del gestore PEC.