Deve essere emessa nota di credito ed inviata tramite il canale SDI. La PA la rifiuterà, per non avere documenti non allineati, e voi potrete così "chiudere" la vostra posizione IVA.
Ricordo che solo nel caso di un rifiuto in sede di controllo SDI la fattura si ha per non emessa, questo perchè essendo respinta non sarà inoltrata alla PA destinataria.