Vedo due diverse possibilità:
- se la nota di credito è già stata registrata in contabilità (immagino di no) la può cancellare con una nota interna
- se la nota di credito non è stata ancora registrata può rifiutarla con una PEC al fornitore spiegando l'accaduto.
Per il fornitore, che verosimilmente aveva già registrato la fattura e pertanto ha emesso la nota di credito, non mi sembra che cambi assolutamente niente. La nota di credito è regolarmente emessa e annulla la fattura rifiutata.